1、新宝岛
手冢治虫全集目录中一般是《新宝岛》打头阵，这部作品创作于1947年，被普遍公认为日本现代漫画的起点。手冢治虫在此作中开始尝试将电影的构图和蒙太奇手法运用到漫画的创作当中，他还首次通过在画面上绘制拟声词的方法，灵活表现了各种状态下发出的不同声音。这些对于漫画的革新，使日本剧画风行，奠定了当代日本卡通漫画的表现形式，确立了日本漫画意识形态。
2、铁臂阿童木
手冢治虫漫画作品中最有名的作品莫过于《铁臂阿童木》了，1951年4月《阿童木大使》开始连载，首次登场他还是作为配角，《铁臂阿童木》一经问世就轰动了日本，《铁臂阿童木》还改变了一些人对连环画的偏见，那些以前认为儿童连环画会影响学业甚至还会受到不良影响的家长们，开始鼓励孩子看连环画，这个聪明、勇敢、正义的小机器娃娃几乎是人见人爱，动画版本更是第一部真正意义上的日本国产电视系列动画，在电视台连续播放四年。
3、罪与罚
手冢治虫经典漫画《罪与罚》出版于1953年，当时正值原著改编为漫画的热潮，《罪与罚》作为改编热潮中脱颖而出的优秀作品，是名著改编作品热潮中的始作俑者，在漫画史上留下了光辉灿烂的一笔，这股热潮一直延续到1960年代。
4、蓝宝石王子
手冢治虫的作品有着各种各样的风格，其中《蓝宝石王子》被公认的第一部少女漫画，并奠定了动漫中“美少女”的常见造型特征和叙述体。手冢提出了动漫画应该按照不同的人群需要制作不同取向的观点。并创作了这部“面向女孩子的作品”，这是日本漫画史上的一个重要里程碑。这部作品使情调单一的日本漫画更新了色彩，确立了日本漫画意识形态中的重要组成部分，即少女漫画意识形态。
5、火鸟
《火之鸟》被公认为手冢治虫最好的漫画，该作品于1954年开始创作，在首次连载期间曾经一部一部克死其连载杂志（最后都人气低迷被迫倒闭），被称为漫画界一大诅咒，作品吸收了大量的神话故事，传说及史实，为读者展示了各个时代人类面对生与死的不同态度，笔力之厚重，主题之深邃均前所未有，作者将浩荡的长篇与试验性的表现手法巧妙结合，使该作成为日本漫画发展史上不朽的先驱之作，使这部作品当之无愧的被奉为“日本漫画观止”。
6、佛陀
《佛陀》原作是手冢治虫从1972年~1983年跨10年之久连载的长篇日本漫画作品，故事带有明显的佛教色彩，内容讲述了佛教创始人，拥有“释迦牟尼”、“佛”等称号的释迦族王子、悉达多·乔达摩成为僧侣的一生经历的佛教故事，本作的单行本在日本国内的总销量超过2000万部，而且译介至英国、法国、葡萄牙、韩国、中国、西班牙等多个国家，在世界上也受到极高的评价。特别在美国，漫画在2004、2005年度连续两年获得美国漫画界最高奖埃斯纳最优秀海外作品奖的称号。
7、怪医黑杰克
《怪医黑杰克》是手冢治虫于1973年创作的经典漫画，在人生低潮期的手冢治虫借此作向社会大肆批判，隐晦反讽。这部作品以高超的叙述方式和叛逆不羁的超现实主义幻想，成功的打破了早期新漫画的种种教条和框架，使此作品成为日本漫画界不朽的杰作，这是世界上第一部获得商业成功的医学漫画，开启了此后医学漫画的先河，是为鼻祖之作。
8、三眼神童
《三眼神童》是1974年开始连载的手冢治虫漫画，灵感是从松本清张的《火之路》触发，故事围绕古代文明、民俗传说以及各种未解之谜展开，传奇色彩浓郁。剧情明快活泼，与作者《周刊少年CHAMPION》同期连载的《BLACK JACK》（怪医秦博士）沉重阴郁的基调形成了鲜明对比。亦正亦邪的主人公极具魅力，由于本作品大受欢迎，因此日本漫画家高田裕三在1987年便利用这个灵感，发表了《三只眼》，直至2002年结束连载。
9、MW
手冢治虫的漫画《MW》于1976年9月至1978年1月在《BIG COMIC》杂志上连载，题材黑暗而沉重。讲述了十六年前，某岛岛民遭到全体残杀，惨剧却遭政府隐瞒，少年结城美知夫在避难所被不良少年贺来岩侵犯，长大成人后结城美知夫化身杀人魔进行疯狂报复，并妄想毁灭世界，而贺来岩则成为一名神父，他试图拯救失控的旧友，二人由此展开连场缠斗的故事，这部作品是手冢治虫少有的有性描写和猎奇杀人场面的漫画。
10、三个阿道夫
手冢治虫全部作品中maigoo小编最喜欢的就是《三个阿道夫》，这部作品于1983-1985年在《周刊文春》上连载。这是文艺春秋社的一个时事新闻刊物。后来本作以精装豪华版出版时，也成为首批放在书店的文学部而非漫画部出售的漫画之一。这部曾经获得第10回讲谈社漫画赏的作品，作为手冢晚年的代表作，被视为手冢最优秀的作品之一。
其他手冢治虫作品：
四格漫画
小马日记
漫画集锦
神秘洞、漫画大学、虎之书、科幻世界、变形故事集、小飞侠今昔物语、猜疑集等
幼龄类型漫画
我的孙悟空、小罗普、魔术泡泡糖、海王子、神奇独角马、小白狮别卷等
少年类型漫画
、
少女类型漫画
天使之丘、神奇糖、虹之堡、暴风雨妖精、娜丝比女王等
成人类型漫画
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